同福客栈的人们实现了各自的理想：成为合法公民的白展堂如愿以偿的进入六扇门，秀才也终于中举，同福客栈在接连两场婚礼举行之后装潢一新，人们沉浸在欢歌笑语之中，充满了对未来生活的渴望，一切似乎看起来都那么美好。 然而新的危机在平静的表面之下悄然发生，随着白展堂成了展红凌的上级，春风得意的他开始天天夜不归宿，并且克扣赃物，过上挥金如土，纸醉金迷的生活。醋意大发的佟相玉对这种状况非常不满，和白展堂多次争吵，白展堂对婆婆妈妈佟相玉日益厌恶和冷漠，总是用钱财来打发佟相玉，佟相玉悲痛欲绝，成了一名怨妇。
在李秀莲的安排下，佟相玉在一次醉酒之后，到恰巧路过的邢捕头身上去寻找失去的爱情，失去钱夫人（绑架莫小贝入狱)的胖财主钱老板，也对佟相玉发动了感情攻势，佟相玉挣扎在三个男人之间，这一切引起了莫小贝的强烈不满，莫小贝离家出走，被郭芙蓉阻止，秀才中举之后，又接连中进士，被皇帝强召为驸马，秀才衣锦还乡回七侠镇，像郭芙蓉表示要郭芙蓉做妾，以腾出正室给公主，郭芙蓉宁死不从，秀才只有不了了之，瞒着皇帝自己已有妻室的情况娶了公主，从此一去不复返；燕小六成了吕轻侯的贴身侍卫，从京城回来，带来了吕轻侯成迎娶公主的消息，在得知吕轻侯成为京城的驸马爷之后，郭芙蓉悲痛欲绝，将吕轻侯的字画全部烧掉了，并且禁止任何人提到吕轻侯。
白展堂回到七侠镇，李秀莲由于口误，告诉他佟相玉移情别恋的情况，白展堂大怒，盛怒之下竟然杀死了钱掌柜和邢捕头，佟相玉发现自己已怀有邢捕头的身孕，无脸见人，投井自尽，白展堂搞了个隆重的葬礼，郭芙蓉成为客栈的新掌柜。 凌腾云爱上了郭芙蓉，一心追求她，凌腾云试图打动心如死灰的郭芙蓉，然而郭芙蓉如同佟掌柜一样成为了一名怨妇，在凌腾云的一再追求下，心灰意冷的郭芙蓉终于投入了凌腾云的怀抱；
然而愚蠢又好管闲事的李秀莲却厌恶凌腾云，一心要成全郭芙蓉和白展堂，在他的努力之下，郭芙蓉终于在醉酒之后和同样也醉酒的白展堂同病相怜，并且发生了关系，白展堂发现自己最终爱上了郭芙蓉，不顾一切的要得到郭芙蓉，然而郭芙蓉在清醒之后，却无法接受这个“哥哥”的追求，盛怒之下地白展堂偏执的认为郭芙蓉前后变化是凌腾云在捣鬼，终于和凌腾云发生肢体冲突，在决斗中，凌腾云将白展堂打倒在地，凌腾云没有杀死白展堂，白展堂对人生已失望至极，用尽全身力气一掌拍死了自己；
李秀莲告诉郭芙蓉，谎称凌腾云杀死白三娘，郭芙蓉认定凌腾云走火入魔，不可救药，刻意疏远凌腾云，凌腾云只有每日借酒浇愁，展红凌趁机投入其怀抱；而此时在京城当了驸马的吕轻侯通过李秀莲得知了郭芙蓉和凌腾云的事情，实际上依然爱着郭芙蓉的吕轻侯怒不可遏，向皇帝诬称六扇门谋反，胜利属于吕轻侯，六扇门遭到清洗，展红凌，凌腾云被撤职充军。同福客栈生意兴隆，但已没有了往日的快乐，无双成了七侠镇的捕头，李秀莲仍然是厨子，仍然天天请假。
无双仍然调查白三娘死因，直到有一天，无双无意间发现李秀莲在暗中捣鬼，李秀莲不得不透露自己的真实身份：他是一个城府极深的后金（清）国间谍！！！，虽然他平时装聋作哑，装痴卖傻，但实际上他相当阴险。他唯一的使命就是制造条件将中原的武林高手自相残杀，一一除掉：姬无名，姬无病，中原一点红，公孙乌龙，白三娘，龙门镖局，盗圣，雷老五相继在同福客栈毙命都不是偶然的，他们全都吃过李秀莲做的食物，李秀莲还计划让剩余的中原武林全部除掉，以便为清军征服全中国扫除障碍，他天天请假决非偶然，就是为了向清军传递情报。
李秀莲到处制造谣言，挑拨离间，正是为了让武林自相残杀：佟相玉出轨，老白和郭芙蓉的畸恋，白展堂和凌腾云的矛盾，都是李秀莲在捣鬼，向吕轻侯告密的也正是他，最后杀死白三娘的也是他，而那个经常出现的杨慧兰只不过是后金的联络员。李秀莲不同于中原男子的打扮，以及他的东北口音，也不是偶然。
无双得知真相以后，十分震惊，正要捉拿李秀莲，不料看似饭桶的李秀莲武功极为强大，轻而易举的杀死了无双，葵花派彻底灭亡； 疯狂的结局： 身份暴露的李秀莲为了彻底消灭剩余的中原武林，杀死了娄知县，只身占领七侠镇，绑架了郭芙蓉掌柜和武林盟主莫小贝，郭芙蓉的父亲郭巨侠被迫赶来营救女儿，凌腾云，追风，展红凌和残余的六扇门从军中逃出，也来解救郭芙蓉；成为了兵部尚书的吕轻侯和燕小六带领朝廷的大军将七侠镇包围；各大派在岳松涛的领导下都派遣人马解救全武林的领袖莫小贝，衡山派三兄弟则来拯救莫小贝。
连丐帮的小米都组织了丐帮弟兄解救郭芙蓉，佟石头也来为姐姐报仇，七侠镇一时乌云滚滚，电闪雷鸣。 在最后的这场大战中，李秀莲如同一个恶魔，无数的官兵，丐帮，镖师，捕快都在李秀莲挥舞的菜刀中血肉横飞，武功高强的郭巨侠被李秀莲一掌击毙，岳松涛虽然抵挡了一阵子，也没能逃过李秀莲的魔爪；六扇门的追风，丐帮的小米都被李秀莲轻而易举的杀死了，小米和追风临死前都表示自己暗恋郭芙蓉，在李秀莲的嘲笑声中被杀死，佟石头和衡山派虽然奋力厮杀，也没能伤到李秀莲一根毫毛，反被李秀莲残酷杀害；
吕轻侯的官军甚至有火枪队来压阵，然而也被刀枪不入的李秀莲杀了个片甲不留。 关键时刻，只听得一声：“照顾好我七舅姥爷外甥女儿”，燕小六将莫小贝从李大嘴手中救出，自己也付出了生命的代价，莫小贝逃走了，燕小六临死时说出了自己其实一直暗恋郭芙蓉的想法。 李秀莲朝吕轻侯走去，当李秀莲正要杀死吕轻侯时，郭芙蓉终于做出了她的最后选择，用自己的身体为吕轻侯挡住了致命的一击，倒在了血泊中；凌腾云了解了郭芙蓉的真心之后，放弃了抵抗，带着遗憾让李秀莲杀死了自己，失去真爱的展红凌也选择了自杀。
李秀莲站在成堆的尸体中，对天大喊：“皇上！中原武林已经被我消灭了！” 吕轻侯抱住郭芙蓉的尸体号啕大哭，天上下起了大雨，在同福客栈的冲天的火光中，李秀莲头也不回的离开了七侠镇。 十五年过去了，李秀莲已经成为清朝的爵爷，七侠镇改名叫李家镇。 一天，李府上吹吹打打，张灯结彩，原来李秀莲娶了一个妾，洞房之中，李秀莲揭开盖头，发现新娘酷似郭芙蓉，李秀莲顿时魂神颠倒，李秀莲一把抓住新娘的手，说：“小郭，哥等了你十几年，其实我一直都喜欢你的，只是为了咱大清国，我成天装疯卖傻，我是没办法呀。”
顿时泪流满面；新娘又惊又羞，拿出一串糖葫芦，说：“李哥哥，今天是芙蓉跟你的大喜日子，先尝尝这个吧。”李秀莲说：“为了你，有毒哥也吃了！” 果然有毒，李秀莲瘫倒在床上，发现这个新娘原来是使用了易容术的莫小贝，临死时，李秀莲说：“这是秀才留下来的东西，你要是有机会，把这个交给秀才。”交给小贝一本书，李秀莲大声呼唤着郭芙蓉的名字死去了。 莫小贝把书交给了翠微山上成了和尚的吕轻侯，那本书封面上四个字：《武林外传》。
